《塞尔达传说：时之笛3D》的基本模式和传统模式都是主要故事模式。基本上都是按顺序进行的。前者让玩家尽可能多地了解游戏的基本机制，帮助他们熟悉游戏环境，而后者则让玩家在玩林克的过程中尝试找到所有时之笛碎片并拯救哈鲁树。
幻影沙漏模式是一个非常有趣的挑战模式，为玩家提供了一些困难的谜题以及在规定时间内通过它们的机会。玩家不仅需要快速想出这些谜题的解决方案，还需要准确地控制自己的时间。如果时间耗尽，玩家将重新开始游戏。
大厅模式是一个开放的环境，为玩家提供了一些在这个特殊环境中享受的挑战。大厅模式的优点是玩家不需要像传统模式那样按照特定的顺序或做出特定的动作来进入新的战斗区域。相反，这个区域为玩家提供了寻找新挑战并发现隐藏宝藏和其他好东西的机会。
振动游戏模式是一项新颖有趣的技术，可以使游戏中的振动更加真实。在这种模式下，玩家可以感受到敌人击中时的游戏振动、林克武器的果断使用以及游戏中的其他任何内容。这可以让玩家更好地体验游戏并给他们带来更真实的感觉。
《塞尔达传说：时之笛3D》中还有其他与传统模式不同的模式，例如时间模式和独立挑战模式。在时间模式中，玩家必须在规定的时间内完成任务，而在独立挑战模式中，玩家必须独自完成一些任务。这些模式使游戏变得更加有趣和具有挑战性。
总体而言，《塞尔达传说：时之笛3D》拥有多种不同的游戏模式，适合各类游戏的爱好者。游戏的不同模式都有着自己独特的游戏体验，这也让玩家可以在游戏中尝试新的事物，提高自己的技能水平。玩家可以在基本模式和传统模式下开始游戏，并在时间模式、独立挑战模式和幻影沙漏模式中获得更多挑战。随着游戏的不断发展，无论是初学者还是经验丰富的玩家都会发现自己在《塞尔达传说：时之笛3D》的世界中充满了无限的可能性。
